Die Leitung des Erzbischöflichen Seelsorgeamtes obliegt dem Rektor, der vom Erzbischof ernannt wird. Zu seiner Leitungsaufgabe gehört die Gesamtverantwortung für die inhaltliche Schwerpunktsetzung der Einrichtung und seiner Dienststellen, für deren Organisation sowie für deren Personal- und Finanzrahmenplanung. Der Rektor vertritt das Erzbischöfliche Seelsorgeamt nach außen.
Der Rektor des Erzbischöflichen Seelsorgeamtes ist zugleich Leiter der
Hauptabteilung 1 - "Pastoral" des Erzbischöflichen Ordinariates und garantiert dadurch die enge Rückbindung des Erzbischöflichen Seelsorgeamtes mit dem Erzbischof und dem Erzbischöflichen Ordinariat.
Der Geschäftsführer unterstützt den Rektor in den Bereichen Dienstleistungen, Verwaltung, Haushalt und Finanzen. Er ist in diesen Bereichen ständiger Vertreter des Rektors
