Das Verhältnis von Staat und Kirche war von Anfang an belastet durch den Anspruch des Großherzogtums auf eine Kirchenhoheit im Sinne des "Staatskirchentums". Während Erzbischof Boll und sein Nachfolger Ignaz Demeter in einem latenten Konflikt mit der Regierung in Karlsruhe lebten, kam es dann unter Erzbischof Hermann Vicari (1842 bis 1868) zur offenen Auseinandersetzung, die sich zum ersten Mal im sogenannten "badischen Kirchenstreit" 1852 bis 1854 zuspitzte. Begleitet waren diese Auseinandersetzungen von einem bedeutenden gesellschaftlichen und politischen Aufschwung der Katholiken. Der Freiburger Staatsrechtler Franz Joseph von Buß kann als Symbolfigur dieser Entwicklung bezeichnet werden, in der sich der Einsatz für soziale Gerechtigkeit mit einer entschiedenen Absage an den liberalistischen Staat verband. Buß war es, der 1837 in Karlsruhe die erste sozialpolitische Rede in einem deutschen Parlament hielt.
Kulturkampf bringt neue Konflikte
Neue Schulgesetze im Jahre 1860 führten zum sogenannten "Schulkampf", der bald darauf 1867 in den "Kulturkampf" mündete. Erst in den 80er Jahren des 19. Jahrhunderts begann sich das Verhältnis von Staat und Kirche zu entspannen, ohne dass der Konflikt grundsätzlich gelöst worden wäre. Zwar wurde das Verbot der kirchlichen Konvikte gelockert, aber die Anti-Ordensgesetze blieben weiterhin in Kraft.
Mit dem Beginn der Industrialisierung begannen sich im Lauf des 19. Jahrhunderts auch zahlreiche katholische Vereine und Verbände im Erzbistum Freiburg zu bilden. Gestützt von diesen Verbänden und einer immer einflussreicher werdenden katholischen Presse versuchte der politische Katholizismus, der sich inzwischen in der Zentrumspartei organisierte, das staatliche Leben mitzugestalten. Die volle Freiheit als öffentlich-rechtliche Körperschaft erhielt die Kirche allerdings erst nach dem Ersten Weltkrieg durch die Weimarer Verfassung. Jetzt konnte sie "ihre Angelegenheiten selbständig regeln".