Als erste Glaubensboten kamen bereits im 6. Jahrhundert die Mönche Fridolin, Landolin, Trudpert und Gallus zu den Alemannen an Rhein und Bodensee. Säckingen am Hochrhein und Schuttern in der Ortenau sind wohl die frühesten Klostergründungen auf dem Gebiet der heutigen Erzdiözese Freiburg. Dazu zählt auch das Kloster auf der Bodenseeinsel Reichenau, das um 724 der Wanderbischof Pirmin gegründet hat. Weitere Klöster, die nicht zuletzt durch ihre Schulen sehr bald zu Zentren christlichen Lebens wurden, entstanden in Gengenbach, Schwarzach, Mosbach und Ettenheimmünster.
Ebenfalls im 7./8. Jahrhundert kam das Christentum in die mainfränkischen Gebiete des heutigen Erzbistums Freiburg. Dort waren es insbesondere der heilige Kilian und der heilige Bonifatius mit ihren Helfern, die den Boden für die Kirche bereiteten. Eine große Ausstrahlung gewann in dieser Zeit das Benediktinerinnenkloster in Tauberbischofsheim durch die heilige Lioba, die es seit etwa 735 als Äbtissin leitete.
Alemannenbistum
Um die Alemannen zu missionieren, war bereits im 6. Jahrhundert das Bistum Konstanz gegründet worden. Es erstreckte sich vom St. Gotthard bis zum mittleren Neckar, vom Rhein bis an die Iller. Hier wirkte von 934 bis zu seinem Tod 975 der "Alemannenbischof" Konrad. Als im 11. Jahrhundert die Abtei Cluny in Burgund zum Ausgangs- und Mittelpunkt einer radikalen Reform des Klosterlebens wurde, breitete sich die Erneuerungsbewegung der "Cluniazenser" vom Kloster Hirsau aus auch im südwestdeutschen Raum aus und führte unter anderem zur Gründung des Klosters St. Peter im Schwarzwald, in dem heute das Geistliche Zentrum der Erzdiözese Freiburg untergebracht ist. Im Gefolge der zweiten, noch radikaleren Reformbewegung der Zisterzienser im 12. Jahrhundert entstanden außerdem weitere Klöster in Salem am Bodensee, in Tennenbach und in Lichtenthal bei Baden-Baden.
Stadtgründung von Freiburg
In dieser Zeit einer kirchlichen Neuorientierung im 11. und 12. Jahrhundert gründeten Zähringer und andere Landesfürsten eine ganze Anzahl größerer und kleinerer Städte wie etwa Freiburg oder Villingen. In vielen dieser Städte, die sehr bald vom aufblühenden Handel und Handwerk geprägt waren, ließen sich im Lauf des 13. Jahrhunderts die Bettelorden der Franziskaner und Dominikaner nieder. In den städtischen Bürger- und Stiftskirchen wirkten so bedeutende Künstler wie Martin Schongauer, Matthias Grünewald, Riemenschneider, Veit Stoß, Baldung Grien und Hans Holbein der Jüngere.